所謂的“除妖”，即是把由於某些緣由而從原本應在的“隱世”來到“現世”停留的妖怪們送回“隱世”這一工作。某天，被妖怪附體的高中生·蘆屋花繪，依靠偶然發現的聯絡方式，來到了除妖的店“物怪庵”。在那裏的是一臉不高興的店主·安倍晴齋。由於某些緣故，蘆屋就這樣以物怪庵奉公人的身份開始工作……安倍與蘆屋的除妖組合和妖怪們的物語就此開幕。