曾经，人类与拥有凶恶咒术力的女王--妃魅祸率领的邪魔大王国的埴轮幻神发生过壮绝的战争，战争最后以人类封印了妃魅祸而获得了胜利。在那场战争的50年后，人类在平静的生活中渐渐忘记了那场战争。但是，埴轮幻神又一次出现了！与它们展开战斗的是司马迁次郎博士率领的BUILD BASE！高校生草薙剑儿借着由从BIG SHOOTER射出的各种部件装着组合而成「钢铁神吉克」，与它们展开了激烈的战斗。现在，关系到人类存亡的新的战斗开始了……