城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 饰）并肩作战打击恶徒。